土壌が還元状態であったり、硝化菌の働きが鈍っていたりすると、有機肥料を与えた場合にアンモニア態窒素の濃度が高まったりします。アンモニア態窒素そのものも植物に悪影響があるのですが、それ以外にガス害（アンモニアガス、亜硝酸ガスの発生）の影響が懸念されます。

 一般的に乾いた土100g中にアンモニア態窒素が25mg以上含まれていると過剰であると考えられています。